국가 간 수자원 협력 분야에서, 북한은 중국과 적극적으로 협상하고 대한민국과는 부분적으로 수교했다. 압록강, 두만강 분지는 중국과 북한의 국경 지역이고 임진강과 한강 분지, 그리고 그 대수층은 북한과 대한민국의 국경 지역이다. 2009년 북한은 ‘광역 두만강 개발 계획’과 정부 간 협력 메커니즘(현재 중국, 몽골, 대한민국, 러시아)을 철회하고 재가입 의사를 밝힌 바가 없다. 압록강과 두만강에 관련하여, 북한은 중국과 빈번히 협력해 왔다. 동아시아연구원에서는 자원 관리와 수력 전기 공유가 압록강 분지 협력의 핵심임을 분명히 명시했다. 그러나, 두 정부 관료 간 2년마다 진행하는 회의는 불법 이주 및 중국 정부의 탈북민 강제 송환 이슈와 관련된 국경 지역 유랑자 문제가 주요 안건이 되고 있다. 또한, 두만강 물의 오염도가 심각하여 근처 중국 및 북한 영토의 인구가 식수로 활용하기 부적합해 수질 문제에 집중하는 것이 바람직하다. 임진강 및 한강 분지 관리에 관한 남북한 협력은 두 국가의 불안정한 관계로 인해 위기에 처해 있다. 남한의 수자원 관리 협력 프로젝트의 다수는 남북 관계 개선과 통일로의 전위 단계로서 계획한 것이다. 그러나, 적극적인 의사소통의 부재 및 한반도 비무장 지대(DMZ) 자원 운용의 어려움과 같은 문제들이 협력을 어렵게 했다.게다가, 북한이 운영하는 댐 시설의 물이 예고없이 방류되어 남한 임진강 유역에 피해를 준다는 사실이 보도되기도 했다.